Debido a las condiciones ambientales más idóneas, la población de Chiloé se concentra en su ribera oriental todos los pueblos se sitúan junto al mar, excepto Huillinco que está a orillas del lago del mismo nombre. Las principales son:

Castro: Fundada en 1567 es capital de la Provincia de Chiloé desde 1982. En esta ciudad puerto destacan los palafitos, el mercado, la iglesia Apóstol Santiago, declarada Monumento Nacional y su famoso festival costumbrista celebrado en febrero. Parte del Parque Nacional Chiloé está en esta comuna.

Ancud: Data de 1767. Es la segunda ciudad más importante de la isla y por ella ingresan los visitantes que vienen del norte. Aquí se encuentra el Museo Regional de Ancud que conserva objetos históricos, artesanales y representaciones mitológicas. En sus alrededores hay fuertes que fueron construidos en el siglo XVIII.

Dalcahue: Es un poblado próspero, famoso por su feria artesanal que se instala todos los domingos donde se pueden adquirir tejidos y cestería provenientes de las localidades vecinas. Es paso obligado para cruzar a la isla Quinchao.

Achao: Fundada en 1743 se ubica en la isla de Quinchao. Anualmente el primer fin de semana de febrero se realiza el Encuentro de las islas del Archipiélago, donde se reúne el folclore de las comunas cercanas y de las 10 islas que forman parte de su administración.

Chonchi: Su origen es de 1754. Se caracteriza porque en ella se encuentra la entrada al Parque Nacional Chiloé y la mayor parte de su superficie, además de sus construcciones en ciprés y por su hermoso paseo costero. En la comuna se encuentra Cucao que es el único asentamiento en la costa occidental de la isla Grande.

Quellón: Es la ciudad que está ubicada más al sur de la isla. Fue fundada como Llauquil en 1906 por una compañía destilatoria que decayó en 1952. Actualmente se dedica al cultivo del salmón.