TRANSMARCHILAY nació en octubre de 1971 a fin  de unir la Isla Grande de Chiloé con el continente. Comenzó a operar en el Canal de Chacao  y al poco tiempo abarcó zonas más aisladas de las regiones de Los Lagos y de Aysén. A mediado de los ochenta inició servicios en el Estuario de Reloncaví y en la Provincia de Palena, dándole continuidad a la Carretera Austral.
En Diciembre de 1999, TRANSMARCHILAY se privatizó y fue  adquirida por el grupo económico CPT, que le dio gran dinamismo y eficiencia.
Actualmente opera exclusivamente en el Canal de Chacao para cruzar a Chiloé (ruta Pargua-Chacao) con sus cuatro embarcaciones: Ruende, Llacolén, Fiura y Camahueto. A través de sus filiales Navieras Puelche y Austral participa en las rutas del Estuario de Reloncaví, Puerto Montt-Chaitén, Ruta Cordillera, Carretera Austral, Chaitén-Quellón y Chaitén-Castro, esta última en enero y febrero.