Desde diciembre de 1999, Transmarchilay es parte del grupo CPT Empresas Marítimas. Hoy ofrece servicios de remolcadores y agenciamiento marítimo en los principales puertos de Chile, Perú y Ecuador;  conectividad con  transporte de carga y pasajeros en la zona austral del país. y diversos servicios a la industria del salmón.
El año 2004, nace Naviera Puelche de la sociedad entre Transmarchilay y Naviera Paredes y en julio de 2005, Transmarchilay y Navimag forman Naviera Austral S.A.
En 2009, Transmarchilay, a través de Transportes Puelche y Transportes Austral amplía sus servicios, conectando zonas aisladas de la X Región y operando como  puerta de entrada a la Región de Aysén.